《秘密》的主人公分别是杀人者的女儿、抚养女孩的刑警以及怀揣秘密突然出现的神秘男人，三人在十年后再次重逢而发生的悬疑故事。

这部电影是日本电影《秘密》(1999) 的重拍版。 　　医生本杰明•迈瑞斯（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）拥有一个幸福的家庭，但一场灾难打破了眼前的和谐。妻子汉娜（Lili Taylor 莉莉•泰勒 饰）在和叛逆的女儿萨曼莎（Olivia Thirlby 奥莉薇•瑟尔比 饰）争论时不慎出了车祸。昏迷后苏醒的汉娜因过于激动而死亡，但灵魂却进入了女儿的躯体。 　　迈瑞斯起初并不相信，但“萨曼莎”却接连说出两人生活中的细节，于是不情愿接受了眼前的事实。“夫妻俩”相约保守这个秘密，并努力找回丢失的女儿，汉娜则籍此走入女儿的内心世界，对叛逆的萨曼莎有了更深的理解……

诺艾米（阿妮亚·布克斯坦 Ania Bukstein 饰）是一名神学博士，为了前往一所犹太女子学院深造，她说服了父亲，将自己的婚期推迟了一年。诺艾米热爱自己所学的专业，强大的求知欲和好奇心让她早已经无法满足于那些轻易就可以从书本中得来的知识。 　　在学校中，诺艾米结识了名叫蜜雪儿（米莎尔·施坦勒 Michal Shtamler 饰）的女子，蜜雪儿性格热情奔放，桀骜不驯，两人相见恨晚，很快就成为了好友。一个名叫艾纽克（芬妮·阿尔丹 Fanny Ardant 饰）的女人介入了诺艾米和蜜雪儿的生活，她身世神秘体弱多病，却散发出了强大的吸引力。以艾纽克为契机，诺艾米和蜜雪儿走入了一个神秘而又邪恶的宗教世界中，压抑的气氛和诡异的仪式让两个女孩陷入了危险之中……

保险经纪ku-ho(j金承佑 饰)在雨天架车时撞到了一名叫mi-jo的少女。少女醒来后失忆了，对自己的身世一无所知。无奈之下，ku-ho只好把这名可怜的女孩带回家，好让她能好好修养。日子一天天过去，Ku-ho也喜欢上了mi-jo。mi-jo虽然不会说话，仍能用心灵感应的方式把自己的心意告诉ku-ho。两人也能在失散的情况下，通过心灵感应找到对方。Ku-ho的身边的人因感觉mi-jo非常奇怪，于是对她展开调查，便发现了她的秘密。

寒假里，直子（岸本加世子饰）和女儿藻奈美（広末涼子饰）去外地探望外公途中，长途客运车发生意外坠入山崖，直子不幸死去，藻奈美奇迹般地得救。醒来的藻奈美对着父亲（小林薰饰）却直呼其名，说自己是直子。自藻奈美的口中准确说出第一次约会的时间地点，甚至是2人做爱时的情景，平介不得不相信这真的是灵魂附体，可是接下来的生活该怎么过？面对“妻子-女儿”的双重身份，平介感到无所适从：一方面，两人再也无法过正常的夫妻生活，另一方面，直子似乎很乐意通过女儿的身份来体验校园生活，甚至包括恋爱。这让平介非常地不安。两人的相处渐渐成为一种折磨。